Но, ведь, сами по себе эти изменения во внешности ничего не значат.

Вообще, "ведь" - это не вводное слово, и обособляться по идее не должно. Меня это царапало до безобразия, хотя не отрицаю возможность того, что это авторский знак. Попробуй перечитать предложение без этих запятых, если станет не намного хуже, ИМХО, лучше их все-таки убрать.

Как выяснилось - зря она беспокоилась, потому что я, сидючи дома и пытаясь отвлечься от терзающих меня страхов чтением учебников, даже успела немного забежать вперёд по основным дисциплинам. Так что, вероятно, учёба займёт всё моё время

Логика, логика, где ты? То есть беспокоилась зря, все я хорошо знаю, даже вперед забежала! Но учиться буду круглыми сутками, нагонять же надо!

Но, ведь, так было далеко не всегда.

См. выше

Но, стоит только выйти из дома на пронзительный ледяной ветер, как становится ясно, что зима ещё не сдалась, не признала поражения, и борется за господство над городом, свирепствуя по ночам и беря передышку при свете дня.

Это имхастое. Мне просто не нравится это предложение, сама не знаю почему. Какое-то оно тяжеловесное, как варан, случайно заползший на поле с кроликами.

знакомств с учителями на каждом уроке, наперебой представляющиеся одноклассников

С падежами что-то не то.

На самом деле, это не совсем, чтобы село

Не нужна запятая перед "чтобы"

Я не могу сфокусировать на нём взгляд, глаза они не желают ничего видеть

"Глаза они" - это ты явно доредактировалась до полной потери связности

Да, минимум одежды - как раз то, что надо, когда на улице в тени +36ЊС.

Во-первых, будь аккуратнее с оформлением. СИшка довольно плохо воспринимает всякие дополнительные знаки и любит заменять их абракадаброй. Во-вторых, само по себе написание цифрами в художественном тексте оправдано редко.

Подойдя к двери с табличкой "Женская уборная" - интересно, а более чопорного названия не было?

Не было - где? Может, все-таки, "подобрать не могли"? Это хотя бы звучит логичнее... хотя тоже как-то не очень.

Прошедшая, было, головная боль вернулась с новой силой.

"Было" в данной ситуации не должно выделяться запятыми.

Она по-прежнему улыбается, а взгляд при этом несколько насроженный

Насроженный - хороший неологизм!